Bio Farma berdiri dengan nama “Parc Vaccinogene” pada tanggal 6 Agustus 1890 berdasarkan Surat Keputusan Gubernur Hindia Belanda Nomor 14 tahun 1890 di Rumah Sakit Militer Weltevreden, Batavia, yang saat ini telah berubah fungsi menjadi Rumah Sakit Pusat Angkatan Darat Gatot Soebroto (RSPAD Gatot Soebroto), Jakarta.

Perusahaan mengalami pergantian nama menjadi “Parc Vaccinogene en Instituut Pasteur.”

Perusahaan kembali mengalami perubahan nama menjadi “Landskoepoek Inrichting en Instituut Pasteur.” Pada tahun 1923, Bio Farma mulai menempati lokasi di Jalan Pasteur No. 28 Bandung yang dipimpin oleh L. Otten.

Saat penjajahan Jepang, Bio Farma berganti nama kembali menjadi “Bandung Boeki Kenkyushoo” yang dipimpin oleh Kikuo Kurauchi.

Perusahaan kembali berganti nama menjadi "Gedung Cacar dan Lembaga Pasteur" Perusahaan ini dipimpin oleh R.M. Sardjito yang merupakan Pemimpin Indonesia pertama. Pada saat kepemimpinan R.M. Sardjito, lokasi sempat dipindahkan ke daerah Klaten.

Pada masa Agresi Militer, saat Bandung kembali diduduki oleh Belanda, perusahaan kembali berganti nama menjadi "Landskoepoek Inrichting en Instituut Pasteur."

Perusahaan kembali berganti nama menjadi “Gedung Cacar dan Lembaga Pasteur” yang merupakan salah satu jawatan dalam lingkungan Departemen Kesehatan Republik Indonesia.

Pada masa nasionalisasi kepemilikan perusahaan Belanda di Indonesia, Perusahaan kemudian berganti nama kembali menjadi "Perusahaan Negara Pasteur" Perusahaan lebih dikenal dengan nama PN. Pasteur.

Perusahaan kembali mengubah nama menjadi "Perusahaan Negara Bio Farma" atau lebih dikenal dengan nama PN. Bio Farma

Berdasarkan Peraturan Pemerintah No. 26 tahun 1978, Perusahaan mengubah nama menjadi Perusahaan Umum Bio Farma yang lebih dikenal dengan nama Perum Bio Farma.

Berdasarkan Peraturan Pemerintah No. 1 tahun 1997, nama Perusahaan kembali berubah dari Perum Bio Farma menjadi Perusahaan Perseroan (Persero) atau lebih dikenal dengan nama PT Bio Farma (Persero) sampai dengan saat ini, dengan kepemilikan saham 100% milik pemerintah.

Bio Farma berhasil mendapatkan Pra-Kualifikasi WHO untuk 12 jenis vaksin sehingga bisa memasuki pasar ekspor.

Peluncuran logo baru mencerminkan semangat dan optimisme untuk menuju industri vaksin kelas dunia.

Di bawah tim manajemen yang baru, Bio Farma melangkah menuju perusahaan vaksin kelas dunia yang berdaya saing global.

Roadmap menuju industri Life Science dimulai. Peluncuran vaksin terbaru Pentavalent (Difteri, Tetanus, Pertusis, Hepatitis B, HiB) dan pencanangan program imunisasi nasional.

Peningkatan Visi baru "Menjadi Perusahaan Life Science Kelas Dunia yang berdaya saing global."

Transformasi Forum Riset Vaksin Nasional (FRVN) menjadi Forum Riset Life Science Nasional (FRLN)

Indonesia resmi sebagai Centre of Excellence (CoE) The Organization of Islamic Cooperation (OIC). Bio Farma sudah mempersiapkan beberapa langkah
konkret sebagai mekanisme kerja sama antarsesama anggota OKI.

Pembentukan Holding BUMN Farmasi, Bio Farma dipercaya untuk bertindak sebagai Induk Holding Bio Farma dengan anggota Holding PT Kimia Farma, Tbk dan PT Indofarma, Tbk. Pembentukan Holding BUMN farmasi bertujuan untuk memberikan solusi dan memberikan nilai tambah yang lebih menyeluruh terhadap kesehatan global dan penyakit di negara berkembang, serta memperkuat kemandirian industri farmasi nasional.